Vi har ju då haft ett projektarbete i kursen ”husdjursproduktion – får, get, ren”.
Jag valde att skriva om genotypning av getter – som inlämning skulle vi skriva ett A4 ungefär om ämnet, givetvis då från vetenskapliga källor.
Inlämningen var idag och här är slutresultatet:
Genotypning av getter
Getter finns på många olika platser runt om i världen och det finns en stor genetisk diversitet mellan olika raser beroende på var de kommer ifrån. Getter är väldigt anpassningsbara djur, vilket har lett till att det finns raser som är anpassade till olika produktionssystem, klimat och miljöer. Getgenomet har studerats i långsam takt, både på grund av brist på molekylära verktyg men också för att det inte finns tillräckliga investeringar.
Hos nötkreatur och får har tusentals kvantitativa egenskapers loci (QTL) identifierats, medans cirka nio stycken genomskanningar har gjorts på getter. Dessa har tagit upp exteriör, tillväxt, fiberkvalitet, nematodresistens, mjölkavkastning, köttavkastning och reproduktions fenotyper. Till exempel så har man identifierat mutationer i alfa-S1 kasein genen som har en stark effekt på mjölkkompositionen och PIS-lokuset som är kopplat till intersexualitet och hornlöshet. Forskningen kring genotypning av getter pågår just nu kring att få en global översikt på den molekylär-genetiska variation som finns. Preliminära data från Italien indikerar att SNP-panelen som används för getter är väldigt informativ, den skulle dock kunna förbättras genom att lägga till SNP från getter som anpassat sig till extrema klimat och miljöer. Något som kräver internationella projekt och ett stort antal prover.
Genomiska teknologier gör det möjligt att undersöka komplexa egenskaper som är svåra att mäta, till exempel vilka genetiska markörer som har korrelation till regioner på genomet som påverkar anpassningen till miljön. Getraser som har anpassat sig till olika produktionssystem i extrema och tuffa miljöer kommer att spela en stor roll i den processen, eftersom att deras genom förmodligen skiljer sig från andra getrasers.
Genom att bygga ett referensgenom för getter så skulle man kunna undersöka hur olika mRNA och microRNA uttrycks hos ett brett utbud av vävnader och under experimentella förhållanden. Det finns en ny design, 52K SNP-chip, som förväntas påskynda den framtida forskningen kring getgenom.
Vid utformandet av 52K SNP-chip designen så hade man uppskattningsvis identifierat cirka 12.000.000 hög kvalitativa SNP-varianter i getgenomet, som fanns i en databas tillsammans med deras biologiska och tekniska egenskaper. Dessa SNP identifierades inom och mellan sex olika raser, innehållande totalt 97 individer. Totalt valdes 60.000 SNP, jämnt fördelade över genomet ut för oligotillverkning. Tio raser användes sedan för att utvärdera SNP innehållet och 52.295 loci kunde framgångsfullt genotypas och användas. Den nya designen av 52K SNP-chip förväntas ha en stor betydelse för analys av den genetiska arkitekturen för egenskaper med ekonomisk betydelse och även för analysen av populationsstrukturer hos getter över hela världen.